中村刑警被二十面相彻底洗脑，明智被特别警备队拘禁，随后新东京万博会的飞船遇袭坠落。侦探社里，花崎、井上、小林、野吕对现状困惑不已，二十面相突然来电，提醒他们万博会收到恐怖袭击预告函一事，而发件人正是二十面相。明智被二十面相囚禁在飞船，二十面相发出挑战，要少年侦探团在日落前救出明智。