2030年，涩谷发生警备机器人失控事件，公安总务课的刑警中村奈绪委托探侦明智小五郎解决事件，于是明智带着少年侦探团的井上了前往机器人制造厂“日野重工”。在另一边，侦探团的花崎健介，在技术担当野吕诚那里得到协助，搜索着迷途犬来到废弃建筑。在花崎前方，谜之少年小林芳雄出现了。