2030年，涩谷发生警备机器人失控事件，公安总务课的刑警中村奈绪委托探侦明智小五郎解决事件，于是明智带着少年侦探团的井上了前往机器人制造厂“日野重工”。...
警备机器人暴走事件的犯人是怪人二十面相，可惜明智没能逮住他。少年侦探团迎来新顾客，一位美女想调查同居恋人的恐吓信是写给谁的，接受委托的花崎他们开始...
花崎称会帮忙找到杀死小林的方法，于是小林加入了少年侦探团，随后他的第一个委托人来访，拜托他们寻找失踪的无业儿子。侦探团从中村刑警和其部下宫西琢巳那...
上完课的井上，有意注视着网球部的胜田雅治，直到放学。花崎来到科学实验部，与大友久和山根祐一起试用侦探团的新道具。此时发生警车遇难事件，从车内找到写...
为搜寻巡查长而走进地下水道的小林和井上，被二十面相的策略所困，此时大量河水灌入下水道。井上身体不便难以逃走，他劝说小林赶紧离开，小林照他的吩咐离开...
花崎帮小林尝试各种死之实验，但全都失败了。花崎趁明智不在的时候，擅自接下六个委托，心想着小林在全部事件解决后持续受伤的话，可能就会接触防护，实现他...
明智为了治愈破案的疲劳在旅馆放松，电视上播放警备机器人事件、机器贩卖事件、地下水道诱拐事件的新闻，而帮助警察的协助者，有传言说正是明智。此时中村刑...
反对城市再开发而搬迁的心之丘住宅区的居民，宣言要独立住宅区全域并命名为自治区，而发言的人正是过去离家出走的花崎的哥哥，晴彦。花崎寻求明智帮助，却因...
花崎被晴彦口中的“亲情”迷惑，暂时呆在住宅区。五十铃准备以三十亿日元与警察交涉，同意强行闯入并允许清除居民，她用居民以钱作为交换，打算仅自己逃跑。受...
花崎与明智他们发生口角，跑出事务所后被二十面相监禁起来，并被迫看某个影像。影像中播放着保住一命住院的晴彦，他的眼中已经毫无光彩，还有由于侦探团破获...