小智一行人朝着湖滨市继续旅行，皮卡丘与波加曼一如往常的跟在一旁。突然皮卡丘和波加曼发生了异变，它们眼冒爱心抱在一起不撒手，小智小光再怎么努力也拉不开它们。为了解决这个异常状况，一行人前往神奇宝贝中心。在神奇宝贝中心里也有与小智他们同样状况的训练家。这原因不明症状让乔伊小姐也束手无策。