小光旅行途中撞见了受伤的皮卡丘,本来想收服它,但是却发现皮卡丘已经是有训练家的神奇宝贝。此时火箭队出现开始攻击皮卡丘,小光路见不平救了皮卡丘,之后她带着体力耗尽的皮卡丘来到神奇宝贝中心,决定帮助皮卡丘寻找它的训练家。另一方面,寻找皮卡丘的小智遇上了君莎小姐,小智听从君莎小姐的建议,决定先去山梨研究所。