银河队的野心是使用3只湖中神奇宝贝的特别力量，召唤出被称为神的神奇宝贝迪亚鲁加与帕鲁奇亚，借着它们强大的能量融合创造新世界。如果这个野心实现，神奥地方将会彻底消失。能解救这个危机的只有亚克诺姆、由克希和艾姆利多，还有能与它们同步的小智等人。时空传说所引发的最后战斗，最终的结果将会如何？