朝着七宝市旅行的小智一行人，在路途中遇见在切割岩石打造住居的石居神奇宝贝石居蟹。在他们观察着这珍贵景象时，又新冒出了三只石居蟹。其中一只顶着特别大的石块，就像是当中的老大一样。这个老大看重的，就是石居蟹努力打造出来的家。下一刻，这三只竟然一起攻击石居蟹，夺走了它的石头住家。