小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，神奇宝贝们纷纷潜入海中帮忙寻找，可是怎样找都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的研究学家，告诉他们只要找到双壳神奇宝贝珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到了罕见的蓝珍珠。