在前往钢铁市的途中小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟神奇宝贝的女性夕雁。最近森林里的鸟神奇宝贝数量骤减，夕雁她正在调查原因。小智一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件。