在小智一行人面前突然出现了一名乘着暴蝾螈的神秘女性。她就是利用高科技机械将神奇宝贝如铜像般固定之后，再加以掠夺的邪恶的神奇宝贝猎人之一。目击到抢夺神奇宝贝现场的小智，追上了猎人，没想到不但遭受反击，就连皮卡丘也被夺走了。为了击溃神奇宝贝猎人的邪恶企图，夺回皮卡丘，小智决定和同样被抢走喵喵的火箭队合作。