道馆训练家菜种正镇上给孩子们进行神奇宝贝对战普及推广活动。火箭队出现了，在菜种的提议下，小智一行人以菜种和小次郎的组合为对手进行双打对战。对战之后菜种发现小次郎的沙漠奈亚有变强的资质，可是沙漠奈亚的实力没有被发挥出来，菜种提议由自己来代为照顾沙漠奈亚。小次郎在这件事影响下，和沙漠奈亚展开了猛烈特训。