特训的时候泳气鼬的音爆打中了附近一座以石头堆砌而成的塔，周遭天色突然变暗，落雷命中了其中一块被打飞的石头。那颗石头竟然是楔石，封印神奇宝贝花岩怪从中现身了。惊险逃过花岩怪袭击的小智一行人前往附近的村落，从村人口中听到古老的传说，带着皮卡丘的波导使者将作恶的花岩怪封印在石头建造的灵魂之塔中。小智他们不小心放出了花岩怪，他们要如何解决这失误呢？