小智一行人前往即将举办华丽大赛的浅葱镇。他们在路中央发现了一个弹簧垫，皮卡丘与波加曼都很兴奋得跳上去玩。此时睡觉神奇宝贝卡比兽从天而降，把皮卡丘他们都弹飞了。一头雾水的小智等人面前出现一个人，他就是卡比兽的训练家悠太。他坚持以科学训练方式锻炼神奇宝贝，比起科学之力更相信羁绊的小智，对于不同类型的训练家充满兴趣，立刻要求对战。可是悠太拒绝了他的要求，提议用对战以外的方式对决。