大家终于抵达神奥联盟的举办地点铃兰岛。在神奥地方各处与道馆训练家对战胜出的强者们，现在都集结于此。接下来的对战，是比以往更不容任何一丝大意的对战，这么一来成员选派也必须慎重行事才行。小智决定从过去旅行中收服到的所有神奇宝贝们当中进行选拔。可是感人的重逢连续碰上意想不到的意外，神奇宝贝们到处捣乱让小智头疼不已。