结束合众联盟挑战的小智一行人,前往鹿子镇拜访红豆杉博士。他们在路途中遇见了新人训练家诺诺美,她个性慎重小心,在犹豫要不要过危险的石桥。小智他们鼓励诺诺美前进后,直接前往研究所。向红豆杉博士报告完合众联盟的成果后,小智一行人决定回到关都地方,这时候诺诺美来到了研究所挑选第一只神奇宝贝。