脱离了大气圈的草薙号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续；而拉克丝一派也针锋相对地在地下持续进行...
阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由...
得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻...
危急时刻，吉良和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草薙号也摆脱了牵制，前来协助大...
在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出...
战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，吉良迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱...
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着...
ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔...
“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。...
感应到克鲁泽的存在的吉良驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却...