C.E.70年，追求政治经济独立的PLANT以“染血的情人节”事件为契机，与地球联合之间正式爆发了武装冲突。拥有MS的ZAFT军在各地都对联合军取得了压倒性的胜利，...
吉良与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。负伤的玛琉无法操作强袭高达，...
在与ZAFT军的拉乌激战的时候，吉良驾驶强袭高达将赫利奥波利斯的壁轰开了一个大洞。惊讶于强袭高达的威力的拉乌选择了撤退。吉良等人登上了大天使号。正当众...
带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，吉良回到了大天使号上，吉良等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞；但...
在强袭高达面前出现的是被夺走的四架高达。混战中，先行出击的穆出其不意地袭击了ZAFT军的威萨利乌斯号，但伊扎克和迪亚克无视撤退命令，继续攻击吉良。能量...
艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特弥斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。虽然同在地球联合内，但玛琉等人所属的是大西洋联邦，而...
利用ZAFT军攻击阿尔特弥斯要塞的间隙，大天使号暂时逃离了克鲁泽队的攻击。然而舰内却出现了物资严重不足的新情况，为了解决这一问题，穆提出了利用位于碎石...
在救生舱里的人是PLANT最高评议会议长西格尔·克莱恩的女儿、阿斯兰的未婚妻拉克丝·克莱恩。天真烂漫的拉克丝即使在敌对方的大天使号上也没有丝毫的不安感，...
盼望已久的救援即将到来的消息使大天使号舰内一片轻松。芙蕾的父亲，地球联合外务次官乔治·阿尔斯塔也随先遣队一同前来。但就在两方汇合之际，克鲁泽队对先...
因顾忌到拉克丝的人身安全，克鲁泽队停止了对大天使号的攻击。芙蕾将父亲的死归咎于吉良不肯全力作战。吉良与被软禁的拉克丝相遇，言谈之中自然而然地回忆起...