人类的希望混沌破坏酵素终于完成，最终决战迫在眉睫。武藏向日浦申请去了镝矢群岛，由于受到混沌病毒的影响，改变了小岛的环境生态系统，甚至于地球也变质了，人类似乎可以听得见地球的悲鸣声。混沌破坏导弹完成了，青年精英队决定发射奥特信号，将混沌奥特曼引诱出来，不料此举却唤醒了沉睡在地底的怪兽多鲁巴。