小智一行人在某个城镇与红豆杉博士及真菰博士重逢。两位博士正打算以羽之化石让最古鸟神奇宝贝始祖小鸟复活。将化石放入巨大机械中按下开关，靠梦梦蚀的能量将出力提高后，伴随着机械中传来的吵杂叫声，一只始祖小鸟出现了。刚醒过来处于兴奋状态的始祖小鸟向各处胡乱使出龙吸，成功安抚了始祖小鸟的是小智一行人。