小智一行人在某个夜晚，遇见了一千年只会苏醒七天的许愿神奇宝贝基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的时候，小智无意吓跑了害怕人类的基拉祈。少女何莉得知小智他们遇到基拉祈，追问基拉祈的下落。小智他们和何莉搜索了七天基拉祈终于出现，但火箭队从中破坏捉走了基拉祈。