小智一行来到椰子岛，他们听三色堇说附近的无人岛埋藏着一个与神奇宝贝有关的宝藏。神奇宝贝记者三色堇曾经去过一间海盗博物馆取材，在调查后发现了宝藏的地图和暗号。火箭队偷听到小智他们的对话后决定抢先一步到无人岛抢走宝藏。小智他们来到无人岛后不断遭到不同的神奇宝贝袭击，这是怎么回事呢？