在金黄市，小智败给了娜姿的超能力神奇宝贝，他改变路线向着紫苑镇前进。为了打败娜姿，小智必须得先得到住在紫苑镇的幽灵神奇宝贝。他们来到了传说中居住着幽灵神奇宝贝的神奇宝贝塔，那里看上去十分阴森，小智有点胆怯，不敢进去。火箭队为了夺走皮卡丘，他们抢先到达了神奇宝贝塔。在塔里，火箭队似乎遇到了灵异事件……