小智得到了彩虹徽章之后继续旅行。他们遇见了一位正在寻找自己孩子妈妈，那个妈妈错把小智当成了自己的儿子。大家从这个妈妈口中得知，这个城市里已经发生好几起儿童失踪事件，犯人的身份还没有查明。小智决定去解决这个棘手的失踪案，他前往神奇宝贝中心，希望在那里能得到些关于失踪儿童的线索。