小智一行在漫长的旅行之后来到了黑云市。这座黑云市看起来非常破败，乌云密布，臭气熏天。这里原来是个非常繁华的工业都市，可是因为过度开发，污染了天空和大海，才没落到现在这个样子。皮卡丘似乎对这个城市非常不适应，小智赶忙带皮卡丘去神奇宝贝中心去治疗。火箭队在暗处观察着这一切，这次他们又在打什么鬼主意呢？