小遥为了参加即将举办的神奇宝贝华丽大赛，大家搭船前往大会场地的凯那市。途中火箭队设下的圈套使船遇难，小智等人顺水飘流遇上了一条气氛阴森的弃船。小智他们在船上结识了来调查弃船的广海，大家在休息时却发现火雉鸡不见了。一行人在搜寻过程中接二连三的不见踪影，这艘船似乎有着什么问题。