小智一行人在浓雾的山路中行走着，听说这山中的村子里有座被当成路标的灯塔。小智他们遇到了守护灯塔光之石的正电拍拍与负电拍拍，它们的主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带着加油神奇宝贝跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘…