在橙华道馆得到第五个徽章的小智前往茵郁市之前，决定先到小田卷研究所一趟。小智等人在那里遇到小田卷博士，得知博士正要去迎接大木博士，大家决定跟随一起接大木博士。本应该在研究所的小遥与小胜，却偶然先遇到大木博士。小遥等人想让大木博士看看地方上难得一见的训练家专用的神奇宝贝，却被趁虚而入的火箭队给抢走。