小智等人在旅行中途遇到大雪陷入危机。一行人在大雪之中遇到会因天气而变化外形的天气神奇宝贝漂浮泡泡。漂浮泡泡带领小智等人来到气象研究所，大家看到储存气象数据的巨大控制器而吃惊不已。火箭队也冲着这个控制器而来，水舰队的人也随后赶到。