小智等人来到了四周环山的溪谷镇，为了消除旅行疲劳，一人决定到神奇宝贝中心休息。可是在神奇宝贝中心，乔伊小姐神色诡异的赶走了大家，无奈之下大家只得露宿野外。晚上大家遭到奇怪的两人组的攻击，这两人是神奇宝贝不思议俱乐部的肯恩与玛丽，他们在寻找掉落到小镇附近的陨石与来自宇宙的神奇宝贝。