五十年后的未来，世界遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。人类文明的武器无法与荒神抗衡，生化科技企业“芬里尔”利用荒神细胞开发出了名为“神机手”的生物兵器，并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。俄罗斯即将展开欧亚地区的荒神扫荡作战，芬里尔派出三位神机手前来支援。