想要寻找大蛇丸的佐助独自离开了村子，前去阻止他的卡卡西也被打败，鸣人等人聚在了一起，他们打算靠自己的力量追回佐助。前去阻止佐助与大蛇丸见面的鸣人等人遭到了暗部的攻击，鸣人刚开始以为这些暗部是父亲为了阻止他们擅自行动而派来的，但几经交手后他们才发现对方招招致命，这些暗部并非直属火影，而是秘密的组织“根”。