忍界大战已经过去了两年，远离战争的忍者世界变得一片祥和，但鹿丸在近日却显得焦躁不安。在联盟会议上直觉敏锐的手鞠知道鹿丸隐瞒了一些事情，但鹿丸却并没有打算告诉她，默之国的事情已经迫在眉睫，这与大战失踪人员以及叛忍的去向有着极大关系，为了维护现有的和平鹿丸决定亲自带领暗部去解决事端。