小智等人在竹兰位于小波镇的别墅，为了准备参加青少年杯不断特训。想要休息一下的小光提议到传说有奇特的岩蛇神奇宝贝大岩蛇存在的无人岛去玩。大家沿着海岸边的洞窟探险时，突然遭到大岩蛇攻击。虽然勉强逃过一劫，小智他们却与艾莉丝还有小光走散了。在返回海岸的路上，巨大的大岩蛇再度来袭。