在火箭队设计下，美洛耶塔与小智及皮卡丘被捉到海底的神殿。原来坂木企图要利用龙卷云、雷电云与土地云这传说中的三只神奇宝贝来称霸合众地方。由写形镜之力召唤而来的三只神奇宝贝，改变型态为灵兽型态，在坂木的指示下开始暴走。总算成功逃脱的小智与皮卡丘，立刻前去救援美洛耶塔。