小智一行人在前往桧垣市的途中，顺便去了艾莉丝的故乡龙之乡。在故乡艾莉丝与儿时玩伴菖蒲重逢，菖蒲所培育的两只乱暴神奇宝贝双头龙是同一天从蛋里孵化，情同兄弟的它们，哥哥今天不知道为什么无精打采的。小智等人在菖蒲家用餐的时候，弟弟双头龙突然慌慌张张地跑来。大家跟过去一看，发现哥哥双头龙进化成了凶暴神奇宝贝三头龙。