电浆团的科学家阿克罗玛正在使用神奇宝贝进行实验。他用神秘电波照射电蜘蛛，想借此引发出它的潜在能力。冻原熊也成为实验品，被放进机器内测试。小智他们刚来到算木镇，就被眼神奇怪的暴露菇袭击。他们听说最近山上的神奇宝贝经常攻击人类，在高处的天文台有奇怪的人出没，大家决定前往那里调查。