被困在遗迹的N和小智对神奇宝贝有不同的想法。N听到遗迹外神奇宝贝的呼唤后变得焦急，想尽快离开地底遗迹。小智则和神奇宝贝们同心协力，为寻找出口不断挖掘。另一方面，艾莉丝的快龙和天桐的岩殿居蟹顽抗电浆团的攻击，可惜被阿克罗玛的神奇宝贝控制机阻止，红豆杉博士、艾莉丝和天桐也被电浆团捉住。