跟电浆团决战过后，小智他们回到红豆杉博士的研究所稍作休息。小智决定回去关都地方，艾莉丝为了认识更多龙系神奇宝贝，天桐为了增广见闻，两人都决定跟小智一起前往关都地方。他们听从红豆杉博士的提议决定坐船经杰可罗拉群岛前往关都地方。他们乘的船与想像中的不同，虽然有点残旧但充满神奇宝贝的设备。