小智一行在充满浓雾的海域中看到一个十分巨大的神奇宝贝影子。他们在马赫拉本岛打听到在相邻的小岛曾经出现过巨大神奇宝贝，大家立即决定前往该小岛。小岛的森林里突然出现了一只巨大的食蚁炉，皮卡丘的攻击对食蚁炉完全没有效果，食蚁炉的绝招还让森林燃起大火。野生的神奇宝贝都慌忙逃生，牙牙在途中被受惊的宝贝球菇攻击，陷入了昏睡状态。