小智一行为了与生活在洞穴的神奇宝贝见面，在洞窟岛下船偶然遇到了小椿。小椿来洞窟岛是为了收服颜色不同的赤面龙，但路上她与快龙走失了，小智他们决定帮忙寻找快龙。虽然成功找回小椿的快龙，但它却与艾莉丝的快龙争吵起来。之后大家为了寻找颜色不同的赤面龙，向森林深处的洞穴进发，可是事情却没有想象的那么简单…