群马县萤火虫村发生怪事，汽车被萤火虫吃了，武藏和风吹驾驶谢巴德前去调查。他们在隧道发现了萤火虫，风吹抓到一只发现不是萤火虫，俩人迅速躲进车里，发光体将车围住，幸好武藏反应及时俩人才躲过一劫。土井垣在武藏、风吹遭受袭击时探测到了混沌病毒，为了保护风吹生长的地方，高斯奥特曼与怪兽混沌巴格展开了激战。