小智一行人穿越广大的森林，终于来到睽违已久的城镇。小智带着小胜想先去吃饭，在街头发现因害怕躲在巷中发抖的蘑菇神奇宝贝蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心，不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉。小智对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现感到很不可思议，想将蘑蘑菇带往神奇宝贝中心。