小智目标是成为一名优秀的神奇宝贝训练师，他明天就要从大木博士那里获得自己的第一只神奇宝贝了。博士在电视里建议初学者从妙蛙种子，小火龙和杰尼龟这三种神奇宝贝里选一只开始训练。小智非常期待明天的到来，他连做梦都在想着挑选神奇宝贝，却因此睡过了头。当小智赶到博士那里，第一只神奇宝贝已经被小茂挑选走了……